En 1905, un vagabundo en una peligrosa misión para rescatar a su hermana secuestrada se enreda con un siniestro culto religioso en una isla aislada.

Durante años, Abe Portman le ha contado historias a su nieto Jake sobre su infancia, sobreviviendo a la Segunda Guerra Mundial, luchando contra monstruos y viviendo en un hogar secreto para niños en Cairnholm, Gales. Según Abe, los hijos de la casa y su directora, la señorita Alma Peregrine, poseen habilidades paranormales y son conocidos como "Peculiars". Cuando Jake cumple dieciséis años, responde a una llamada telefónica de pánico de Abe y va a su casa para encontrarlo muriendo sin los ojos. Abe le dice que vaya al "bucle del 3 de septiembre de 1943". Después de que Abe muere, Jake vislumbra un monstruo exactamente como los descritos en las historias de Abe escondido en el bosque.

Un hombre desesperado varado en una isla desierta entabla amistad con un cuerpo sin vida y juntos emprenden un viaje surrealista para regresar a casa.